Pendidikan

1. Pendidikan Formal

Adapun pendidikan formal di Pondok Pesantren Madrasatul Qur`an meliputi MI, SMP dan SMA. Pendidikan MI ditempuh di MI Ma`arif Kertek, sementara pendidikan SMP dan SMA ditempuh di SMP Qur`aniyyah dan SMA Qur`aniyyah yang lokasinya satu lingkup dengan pesantren. Pada jenjang MI, pendidikan lebih ditekankan pada pembentukan karakter, pada jenjang SMP lebih difokuskan pada pengembangan minat bakat, dan pada jenjang SMA pendidikannya ditekankan pada entrepreneur.

2. Pendidikan Non-Formal

Pendidikan keagamaan di Pondok Pesantren Madrasatul Qur`an terdiri dari pendidikan tahfidz dan pembelajaran kitab kuning. Pendidikan tahfidz dibagi menjadi tiga kelas, yaitu: (a) Tahsin Al-Qur`an; (b) Tahfidz Juz `Amma; dan (c) Tahfidz Al-Qur`an. Sementara itu, pembelajaran kitab kuning dibagi menjadi beberapa kelas yang disesuaikan dengan kemampuan masing-masing santri. Di setiap kelas, diberikan kajian kitab kuning dengan pembahasan yang beragam, seperti tajwid, hadits, akhlak, bahasa (nahwu, shorf, dan balaghoh),  fiqh, dan tafsir. Dengan pembagian kelas ini, semua santri dibimbing sesuai dengan tingkat kemampuannya.

Ekstrakurikuler
Pondok Pesantren Madrasatul Qur`an juga menyediakan berbagai kegiatan ekstrakurikuler, antara lain: (a) tilawah al-Qur`an; (b) rebana; (c) drumblek (semacam drum band dengan menggunakan barang-barang bekas); (d) silat; (e) futsal; (f) voli; (g) kaligrafi; (h) pramuka; dan (i) jurnalistik.

Fasilitas
Untuk menunjang pembelajaran dan kenyamanan santri, Pondok Pesantren Madrasatul Qur`an dilengkapi dengan fasilitas yang memadai, yaitu: (a) asrama santri, dengan ranjang dan kasur; (b) toilet yang mencukupi; (c) taman; (d) musholla; (e) auditorium; (f) lapangan olahraga, seperti futsal dan voli; (g) kantin dan ruang makan; (h) ruang kelas sekolah; (i) perpustakaan; dan (j) kolam ikan sebagai sarana pelatihan entrepreneur santri.