Pondok Pesantren Madrasatul Qur`an Wonosobo  merupakan pesantren yang mengintegrasikan pendidikan pesantren dengan pendidikan formal MI, SMP dan SMA. Dengan pengintegrasian ini, peserta didik diharapkan tidak hanya `alim di bidang keagamaan, tetapi juga unggul dalam intelektual. Oleh sebab itu, Pondok Pesantren Madrasatul Qur`an memiliki visi, “Mencetak generasi hafidz, `alim, kreatif inovatif, dan berjiwa entrepreneur.”

Pondok Pesantren Madrasatul Qur`an didirikan pada tahun 2018 di daerah yang dikenal memiliki udara yang sejuk dan asri, tepatnya di Nongkosari, Kelurahan Kertek, Kec. Kertek, Kab. Wonosobo, Prov. Jawa Tengah. Suasana pesantren yang nyaman berdampak pada prosentasi santri kerasan menuntut ilmu di pesantren. Sejak didirikan, prosentasi santri kerasan di pesantren ini lebih dari 95%.

Pengasuh dari Pondok Pesantren Madrasatul Qur`an adalah Abah K. Muhammad Agus Fauzi al-Hafidz, SE., M.EK., yang sanad keilmuannya tersambung dengan beberapa pondok pesantren di berbagai wilayah di Indonesia. Beliau menyelesaikan pendidikan tahfidz kepada KH. Muhammad Rif`ai Al-Hafidz, pengasuh Pondok Pesantren Nur Islami al-Mujaddid Lampung, yang kemudian dilanjutkan tabarrukan kepada KH. Munawwir Munajat Al-Hafidz, pengasuh Pondok Pesantren Nazzalal Furqon Salatiga. Beliau juga menyelesaikan pendidikan keagamaan kitab kuning kepada al-maghfurlah KH. Ali Haidar Bukhori, pengasuh Pondok Pesantren Luhur Wahid Hasyim Semarang. KH. Ali Haidar Bukhori merupakan salah satu murid kinasih Simbah KH. Maimun Zubair, Sarang, Rembang. Tidak hanya berhenti di situ, Gus Fauzi juga pernah nyantri di Pondok Pesantren Bayt Al-Qur`an Tangerang, yang diasuh oleh Prof. Dr. Quraisy Shihab. Di pesantren inilah, Beliau mempelajari berbagai hal yang berkaitan dengan ilmu tafsir Al-Qur`an. Dalam kepengasuhan, Gus Fauzi didampingi oleh Ibu Ny. Shofia Nur Mujahadah al-Hafidzoh, S.EI., M.EK. yang merupakan lulusan dari Pondok Pesantren Sunan Pandanaran Yogyakarta.